水上雅丹地貌的形成是一個複雜的過程，主要涉及地質基礎、氣候變化、風力侵蝕和流水作用。以下是詳細介紹：
地質基礎。原有的湖相沉積物在地殼運動的作用下形成。
氣候變化。由於全球氣候變遷，導致塔里木河流量減少，周圍地區沙漠化嚴重，雅丹地區變得極為乾旱，湖床乾涸，露出水面的鹽結晶體在長時間的風吹日曬下逐漸形成雅丹地貌。
風力侵蝕。在風力作用下，鬆軟的砂土層被侵蝕，形成風蝕土墩和風蝕凹地（溝槽）的地貌組合。
流水作用。隨著氣候變化轉向溫暖濕潤，冰川融水增多，匯入乾涸的湖泊，形成水上雅丹。
此外，地震活動也可能對雅丹地貌的形成產生影響，地震會導致地殼的抬升或陷落，進而影響到地表的地貌形態。