水下呼吸指令的使用方法和格式如下：
使用方法。在遊戲《我的世界》中，要使用水下呼吸指令，首先需要確保遊戲模式是創造模式或者開啟了作弊模式。然後按T鍵或/鍵打開輸入框，接著輸入指令/effect (玩家名) 13 (持續時間) (藥水等級)，最後按Enter鍵執行指令。
指令格式。指令格式為/effect (玩家名) 13 (持續時間) (藥水等級)，其中「玩家名」是指要施加效果的玩家名稱，「持續時間」是指效果的持續時間，以秒為單位，最大值為99999秒，「藥水等級」是指效果的強度等級，一般輸入1即可。例如，如果玩家名為A，想要一個持續99999秒的水下呼吸效果，可以輸入/effect A 13 99999 1。
以上指令可以給予玩家無限的水下呼吸能力。