水果玉米的保存方法有多種，可以根據需要選擇合適的方式：
直接冷凍。將水果玉米粒剝下來，用保鮮袋獨立包裝，然後放入冰櫃冷凍室。或者不剝粒，直接用保鮮膜包裹整個玉米棒，再放入冷凍室。這種方法適用於需要長時間保存的情況。
煮熟後冷凍。將水果玉米煮熟後晾涼，再放入冰櫃中保存。這種方法可以保存幾天到幾天不等，適用於短期內使用的情況。
陰涼通風處存放。新鮮水果玉米可以在陰涼通風的地方存放一段時間，但營養價值可能會有所下降。
曬乾保存。將水果玉米曬乾，可以長期保存。適用於不打算近期食用的玉米。
榨汁後保存。將水果玉米榨成汁後，可以保存較長時間。
冷藏保存。鮮穗直接存放，在低溫條件下可以減慢糖分損失和種皮增厚。速凍保藏也是一種有效的方法，可以將鮮穗去苞衣除須後漂燙、迅速冷卻，然後放入-25°C下速凍，最後用複合膜包裝並置於-18°C下凍藏，保質期可達半年。
選擇保存方法時，需要考慮使用時間和是否需要保留玉米的水分和營養價值。