水果酵素的製作和使用方法因不同的製作方法和目的而有所不同。以下是一些常見的使用方法：
製作。首先，準備適量的飲用水填滿容器的60%，然後加入相當於水重10%的糖，接著加入切成小塊的多種水果（占容器的80%），最後，確保容器留有20%的空間以避免發酵時溢出。發酵過程中，前一個月需要每日開蓋放氣，第二個月起可以密封容器。自然發酵通常需要3個月，若使用酵素髮酵劑則需6個月。
服用。水果酵素可以在飯前或飯後一小時左右服用，建議舌下含服以使效果更佳。如果需要，也可以使用溫水稀釋後服用，但應注意水溫不宜過高以免影響酵素活性。
請注意，自製水果酵素應存放在陰涼、避光的地方，並且每天食用量不宜超過100ml，食用前最好稀釋。