水污染的原因主要包括自然因素和人為因素。自然因素涉及自然現象或過程，如特殊地質條件下某種化學元素的富集、天然植物腐爛時產生的有害物質、雨水攜帶地面物質流入水體等。人為因素則包括農業活動、工業生產和城市生活等方面。具體如下：
農業活動。耕作或開荒導致土地表面疏鬆，降雨時大量泥沙流入水中；農藥和化肥使用量增加，殘留於土壤和大氣中，通過降雨和地表徑流進入水體。
工業生產。工業廢水含有大量污染物，如重金屬（銅、鎘、汞、砷等）和有機毒物（苯、二氯乙烷、乙二醇等），直接排放污染水體；固體廢物和廢氣也可能污染水體。
城市生活。城市人口集中導致生活污水、垃圾和廢氣引起水體污染；生活污水中含有的氮、磷、硫及治病細菌等進一步污染水體。
此外，人為因素還包括社會和法律方面的問題，如社會失向、法律規定與實踐規則的分離、以及市場經濟與人性善假定的不符等，這些都可能導致水污染。