水的磁化原理主要涉及水分子在磁場作用下物理和化學性質的變化。當水以一定流速通過磁場時，水分子會垂直切割磁力線，根據法拉第的電磁理論，這會在水中產生電荷和電動勢，進而產生電流和電位差等物理變化。這些變化導致水的內能增加，促進了水分子的排列變化，破壞了水分子之間的氫鍵，使水分子從締合狀態轉變為更加活躍的單散分子。這種狀態的改變使得水的滲透能力和溶解能力增強。
從化學角度來看，磁化水中的離子在磁場的作用下受到影響，導致水的化學性質發生變化，如氧化還原電位和pH值的變化。此外，磁化過程還可能導致水分子的氫鍵角度和長度的變化，進一步影響水的物理和化學性質。
需要注意的是，儘管水經過磁場處理後其性質會發生變化，但水本身並不是磁性物質，因為它對外部磁場的影響非常微小。磁化水的本質是能化而非磁化，這意味著其內部能量的提高而非外部磁性的增強。