水豚是一種雜食性動物，主要以植物為食，包括草、葉、樹皮和水生植物等，也偶爾會吃動物性食物。
水豚的食物種類非常廣泛，它們喜歡吃植物的莖、葉和根部，例如蘆葦、黃莎草、蒲草和水蔥等，還會食用一些浮萍、水藻和水生植物的果實。此外，水豚也會吃一些小型的水生昆蟲、水生動物和軟體動物，如小魚、蚌類、螺類等，以補充蛋白質。在水生環境中，它們會展現出優秀的游泳技巧進行捕食。在人工飼養條件下，可以因地制宜地餵以各種青草、乾草、樹葉、蔬菜、瓜果等，並適當補充些精飼料。到了旱季，當新鮮的植物枯萎時，水豚會改吃蘆葦、穀物和瓜類等。