沉井下沉的方法主要包括以下幾種：
自然下沉法。在地面或地坑上先製作開口的鋼筋混凝土筒身，待筒身達到一定強度後，在井筒內分層挖土、運土，使沉井藉助其自重和挖土的作用，克服阻力和摩擦力下沉。
排水下沉法。適用於滲水量不大或砂礫層中滲水量雖大但排水不困難的情況。此法在沉井內設泵排水，沿井壁挖排水溝、集水井，用泵將地下水排出井外，邊挖土邊排水下沉。
不排水下沉法。適用於嚴重的流砂地層和滲水量大的砂礫層中，以及地下水無法排除或大量排水會影響附近建築物安全的情況。此法使用高壓水槍將土層破碎稀釋成泥漿，然後用吸泥機將泥漿排出井外。
浮運沉井法。在深水條件下修建沉井基礎時，可以採用浮運沉井下沉就位的方法。即在岸邊製作可以漂浮在水上的底節沉井，拖運到指定位置後，逐節接高鋼壁並灌水下沉。
氣壓沉箱法。將沉井的底節做成有頂板的工作室，在工作室頂板上裝有氣筒及氣閘。通過氣壓沉箱沉入水中達到覆蓋層後，關閉閘門並輸入壓縮空氣，排出工作室中的水，施工人員通過氣閘進入工作室內挖土。
此外，沉井下沉的方法還有環刃下沉法、氣壓沉箱法等。在實際工程中，應根據地質條件、施工環境等因素選擇合適的下沉方法。