泡泡染的缺點主要包括：
對頭髮傷害較大：泡泡染使用的化學染料含有對頭髮有害的化學物質，長期使用可能導致頭髮變得乾燥脆弱，甚至出現分叉和斷裂。
顏色持久性較差：泡泡染的顏色只能維持幾周到一箇月左右，之後會逐漸褪色，需要經常補染，增加經濟負擔並對頭髮造成更多傷害。
效果不夠自然：雖然可以短時間內擁有亮麗髮色，但往往無法達到自然髮色效果，相比之下，永久性染髮可以更好地模仿自然髮色。
可能引起頭皮過敏反應：導致頭皮瘙癢、紅腫等不適症狀。
可能導致衣物和傢俱染色：染髮劑中的染料可能會對衣物和傢俱造成染色問題。
色差和染髮不均勻：由於頭髮吸收顏色的程度不同，可能出現黑髮與已經染過的頭髮分段處顏色不一致的情況，導致染髮不均勻。
含有重金屬染料：泡泡染可能屬於重金屬染料，通過洗頭時的強鹼性打開毛鱗片和毛囊深層的皮下組織，對頭髮和頭皮有極大傷害。
褪色改色困難：重金屬染料包裹性極強，導致褪色改色不易，第二次染髮容易花掉。
燙髮效果不佳：泡泡染可能導致頭髮彈性不好，支撐力不夠，導致假性軟化，不專業處理可能導致翻車率很高。