《洛克人X4》的故事發生在《洛克人X3》的數年後，世界再度被元祖洛克人以及他的夥伴們所拯救，然而在某個偏遠的孤島上，新的危機正在醞釀。
故事的主角是洛克人X的創造者-威利博士，他利用自己的天才技術製造出了一種新的機器人，名為暗影惡魔。這個機器人擁有強大的力量，但威利博士並沒有滿足，他繼續利用技術製造出更多的機器人，他們被稱為惡魔人。這些惡魔人不僅擁有強大的力量，還被賦予了自我複製和自我修復的能力。
然而，這一切都被一個名為艾克斯的機器人發現，他決定阻止威利博士，從而開始了與暗影惡魔的戰鬥。在與暗影惡魔的戰鬥中，艾克斯成功地將這些惡魔擊敗，並且揭示了它們其實是自己的複製體。這個故事後來如何發展並未在此詳述，但是可以通過遊戲本身來了解更多詳情。