硝化細菌在自然界和水產養殖中扮演著重要角色，其主要作用包括：
將有毒的氨轉化為亞硝酸鹽，進而將亞硝酸鹽轉化為毒性較低的硝酸鹽。這一過程有助於降低水中的氨氮和亞硝酸鹽濃度，從而淨化水質。
維持水體中的氮循環平衡，防止氨和亞硝酸鹽的積累，這些物質對魚類和其他水生生物有害。
在氮循環中發揮關鍵作用，通過將氨和亞硝酸鹽轉化為硝酸鹽，硝化細菌有助於提高水體中氮的可用性，從而支持水生生態系統的健康。
此外，硝化細菌還是一類好氧性細菌，它們需要依附於其他物體才能生存繁殖。它們通常生活在有氧的水中或砂層中，對於維持水體生態平衡至關重要。