消毒奶瓶的方法主要有以下幾種：
煮沸法。將奶瓶各個部件拆分開，加入熱水浸泡幾分鐘，清洗奶瓶瓶身，清洗奶嘴，清洗螺旋口，清洗奶嘴孔和排氣孔，用流動的清水沖洗乾淨，放置奶瓶消毒器烘乾消毒。煮沸時要注意清水要完全蓋住奶瓶，給玻璃奶瓶消毒時要先與冷水一起加熱，以免引起爆裂，等水沸騰後再將奶嘴、奶瓶蓋、奶瓶等容易變形的塑膠製品一同放入鍋中，蓋上鍋蓋，再煮二至三分鐘後，關火即可。
紫外線法。適用於幾乎所有寶寶用品，通過紫外線的照射，破壞及改變微生物的DNA結構，使細菌死亡或不能繁殖後代，達到殺菌的目的。紫外線波長短，長久直射皮膚會造成皮膚損傷，消毒器工作時要遠離。
蒸汽法。加熱底盤的水，產生高溫蒸汽，殺滅致病微生物，適用於耐高溫的寶寶用品，高溫工作，穿透力強，360°無死角。有些材質不適合高溫，長期高溫會加速老化，縮短它們的使用壽命。
每種消毒方法都有其優缺點，可以根據實際情況選擇適合的消毒方式。同時，要注意消毒後的奶瓶要徹底晾乾，防止二次污染。