深度烘焙咖啡豆的咖啡因含量並不一定比淺度烘焙的咖啡豆低。根據咖啡科學與信息協會的報告，阿拉比卡咖啡豆在淺度烘焙、中度烘焙和深度烘焙的狀態下，咖啡因占豆重比率分別為1.37%、1.31%和1.31%，表明深度烘焙的咖啡豆咖啡因含量僅比淺度烘焙略低0.06%。烘焙過程中，咖啡因會因為升華而有一定的損失，但這種損失可以忽略不計。因此，如果以同等重量的咖啡豆進行萃取，深度烘焙咖啡豆的咖啡因含量可能會略高於淺度烘焙咖啡豆，因為烘焙過程中咖啡豆的重量會減輕，而咖啡因的萃取效率會提高。
需要注意的是，咖啡因的熔點為235-238℃，而咖啡烘焙的溫度通常達不到這個範圍，因此咖啡因在烘焙過程中不會因為溫度升高而大量溶解。咖啡因在178℃時會出現升華現象，這意味著咖啡豆中的咖啡總量會減少，但這並不意味著咖啡因含量會顯著增加。
綜上所述，深度烘焙咖啡豆的咖啡因含量並不一定比淺度烘焙的低，兩者之間的差異非常微小，可以忽略不計。