淳於姓的起源有多個來源，主要包括：
出自姜姓。淳於姓是炎帝神農氏的後代，炎帝生於公元前3245年，他在位一百四十年後逝世。炎帝的後代被封在伊、耆等支國。其中，淳於姓的一支來源於炎帝的第十三子，被封在淳國。
源於姒姓。淳於姓也源自大禹的後代淳維，淳維後來被稱為「熏育」，是夏王朝末代君主姒癸的庶子。淳維的後代中有以先祖名字為姓的，稱為淳氏。
州公實亡國後。春秋時期，州公實統治的州國被杞國滅亡。州國公族定居於淳於城（今安丘縣東北），後來復國，名為淳於國，仍為公爵，成為春秋時期的小國之一。亡國後，其族人以原國名命姓，稱淳於氏。到唐代中期，唐憲宗名李純，淳於姓的「淳」字與「純」字同音，遂在避諱之列，乃去淳為於姓。五代以後，有於姓恢復祖姓，仍複姓淳於。