清朝故事的主要線索包括以下幾個方面：
1. 政治鬥爭：清朝宮廷內部的政治鬥爭是故事的重要線索。皇帝與權臣、后妃之間的權力鬥爭，以及皇儲之爭都是清朝宮廷劇的常見主題。
2. 民族融合：清朝是中國歷史上最後一個封建王朝，其多元文化交融的特點在故事中也有所體現。滿族與其他民族之間的融合，如漢族、蒙古族、滿族之間的通婚，以及不同民族之間的文化交流等，都為清朝故事增添了豐富的色彩。
3. 經濟發展：清朝時期的經濟發展也是故事的一個重要線索。從農業、手工業到商業的發展，以及江南地區經濟繁榮的故事，都是清朝故事的重要組成部分。
4. 戰爭與邊疆安定：清朝時期的戰爭和邊疆安定也是故事的重要內容。如平定三藩之亂、平定準噶爾汗國的叛亂、收復台灣等，都是清朝故事的重要內容。
5. 文化傳承與創新：清朝時期的文化傳承與創新也是故事的重要線索。從傳統的詩詞書畫到新興的戲劇音樂，以及滿漢文化的交融等，都是清朝故事的重要內容。
以上是清朝故事的一些主要線索，具體的故事情節則因歷史背景、人物性格、情節設定等因素而有所不同。