溪頭神木的故事源於一種神奇的傳說。相傳很久以前，溪頭村有條小溪，溪邊有個樹林，樹林裡有一棵大樟樹。這棵樟樹有個神奇的傳說，說是樹幹里有隻神猴，能夠救人治病。有人曾經在樹洞裡住過，發現樹洞裡有個小洞，洞裡有個小神猴，能治百病。
有一天，溪頭村來了一個老翁，他向村民們求醫問藥，但病情始終不見好轉。聽說溪頭村有棵神木，老翁便來到溪頭村，在樟樹下住了下來。他在溪邊飲水休息時不慎摔倒在樹旁，因治療中使用的麻藥使神猴中毒掉落樹下腐爛樹皮。於是他吸取神猴血液解了病情之後將它藏起封存進高樓上箱內四個月而失其藥力病民才能慢慢痊癒起復勞作。
老翁將樟樹樹皮曬乾製成藥丸方便百姓治病，也把樟樹作為神木供奉起來。溪頭村人為了紀念這位老翁和神木的神奇功效，將樟樹稱為“溪頭神木”。從此以後，“溪頭神木”的傳說在溪頭村一代代傳下來，吸引了眾多遊客前來探秘和觀賞。這個故事傳達了一種神秘的信仰和文化傳統，也讓溪頭神木成為了當地獨特的文化和旅遊景點。