滯納金的入賬處理通常遵循以下步驟：
支付滯納金時，應將其計入營業外支出科目。具體來說，使用借方記入「營業外支出-稅收滯納金」賬戶，貸方記入「銀行存款」或「現金」賬戶。
在月末結賬時，需要將營業外支出科目的餘額結轉到本年利潤科目。操作上，借方記入「本年利潤」賬戶，貸方記入「營業外支出-稅收滯納金」賬戶。
如果滯納金未交時，可暫時掛在「其他應付款」科目。分錄為借方記入「營業外支出-稅收滯納金」，貸方記入「其他應付款-稅收滯納金」。當交付滯納金時，分錄變為借方記入「其他應付款-稅收滯納金」，貸方記入「銀行存款」或「現金」。
此外，還有一種觀點將滯納金計入財務費用或應收賬款等其他支出科目，這取決於滯納金的性質和公司內部的會計政策。在某些情況下，滯納金也可以被視為一種額外的收益，被計入公司的營業外收入科目中。