澄清器的工作原理主要涉及利用重力、離心力和過濾等原理來實現混合物中固體顆粒和液體的分離。不同類型的澄清器可能會採用不同的方法，例如：
逐級接觸式萃取設備。在每一級設備內，不互溶的兩種液相進行攪拌混合和澄清分相，實現目標溶質在不同液相間的傳質與分離。這通常涉及調節渦輪的轉速和插入液體的深度來改變混合效率。
依靠重力分離。對於比重不同的固體和液體，澄清器利用重力的作用使比重較大的固體顆粒沉降在下部，從而實現分離。
旋流器。在操作中，液體從進口管進入旋流器，經過旋轉和離心作用，固體顆粒在管壁上沉積並被分離。沉澱的固體顆粒沿著尾部管排出，而清潔的液體則通過出口管流出。
沉澱設備。利用懸浮泥渣層與水中雜質顆粒相碰撞、吸附、粘合來提高澄清效果。
這些方法的選擇取決於待處理物質的性質、所需分離的精度以及澄清器的具體套用場景。