《火焰之紋章英雄》的故事發生在雷吉艾爾大陸上，七個國家被黑暗勢力所支配，為了掙脫黑暗的束縛，救贖各自的靈魂，國家與同伴集結，故事就此展開。
玩家將扮演分別屬於三大陣營的討伐軍英雄，成員或是被神選中，擁有淨化世界、實現玩家所定誓約目標的少女英雄，或是失去了重要的東西而成為討伐軍，進行各種迷題探索的青年英雄。遊戲包含多個可操控角色，這些角色之間有各自的劇情線與主線相連，共同推進故事發展。玩家將可以選擇多個角色進行遊戲，與夥伴一同闖蕩戰場，接客群多任務，與各種敵人對戰。
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