宇智波鼬滅族的原因主要有以下幾點：
保護村子免受戰亂：宇智波一族的叛亂如果成功，木葉村將會遭受重大打擊，其他國家和忍村可能會趁虛而入，因此爲了保護村子的安穩，宇智波鼬被迫接受了木葉高層志村團藏下令的滅族任務。
維護宇智波一族的名譽：宇智波鼬認爲如果宇智波一族真的叛變了，無論成功與否，都會遭到社會的輿論攻擊，被認爲是背叛村子的一族。對於高傲的宇智波一族來說，名聲比生命更爲重要。
保護弟弟佐助：宇智波鼬在痛苦與煎熬中接受了滅族任務，並將弟弟佐助託付給了自己，給佐助設定了一箇向自己復仇的目標，之後逃離木葉並加入曉組織做臥底。
止水的意志：宇智波鼬在執行任務時，也考慮到了宇智波止水的意志，以及保護弟弟的性命。
綜上所述，宇智波鼬滅族是爲了保護村子免受戰亂，維護宇智波一族的名譽，同時也是爲了保護弟弟佐助和止水的意志。