牟姓的起源主要有以下幾種說法：
出自祝融之後。牟姓起源於周朝，是火神祝融的後代。祝融是上古時期掌管火的官職，其後代被封在牟國（今山東萊蕪東），春秋時期牟國被齊國所滅，其後代以國名為姓，形成牟姓。
以封地名為姓。東漢時期，經學家牟長的祖先被封在牟地（今山東淄博），後來他以地名為姓。
出自官位或地名。西周時期，官吏岑牟的後裔中有人以先祖的官職稱謂為姓，後簡化為牟姓。另外，春秋時期的賓牟賈是周王室的大夫，其後代中有人以先祖的名字為姓。
出自少數民族。今彝族、土家族、朝鮮族、哈尼族等少數民族中都有牟姓族人分布，他們大多是在唐宋元明清時期中央政府推行的羈糜政策和改土歸流運動中改為漢姓牟氏。
出自李姓改姓。明朝初期，李世民的第十九世嫡孫李黼的後人李原誠、原諒、回祖、麼祖因組織反元事敗露，被元朝廷抄家，逃散的兄弟三人改姓牟。
這些說法反映了牟姓起源的多樣性和複雜性。