珊瑚礁死亡的原因主要包括以下幾點：
全球氣候變暖。導致海水溫度升高，珊瑚對水溫變化非常敏感，超過一定閾值後，珊瑚容易進入脆弱狀態，患上疾病甚至死亡。全球變暖還引起海洋酸化，破壞珊瑚骨架結構。
過度捕撈。破壞珊瑚礁生態系統，影響珊瑚提供食物、棲息地和保護的能力。
海洋污染。包括重金屬和化學物質，破壞珊瑚和其他生物種群的適應性，影響珊瑚骨骼生長。
人為破壞。如旅遊業影響、海水污染、海洋酸化等。
海水溫度升高。珊瑚內的植物細胞無法有效進行光合作用，珊瑚蟲脫離骨骼，導致珊瑚白化，雖然珊瑚可以在溫度下降後恢復顏色，但很多時候會死亡。
海水污染。尤其是氮濃度升高，導致珊瑚共生藻類過度繁殖，環境氮-磷比例失調，引發珊瑚病變、白化和死亡。