珍珠是在一些海洋生物如蚌類和牡蠣體內形成的，當這些生物的柔軟組織如外套膜受到外界異物（如沙粒、寄生蟲等）的刺激時，它們會分泌一種名爲珍珠質的物質來包裹這些異物。
隨着時間的推移，這層珍珠質逐漸加厚，最終形成珍珠。這個過程中，珍珠質的主要成分是碳酸鈣和有機物質，爲珍珠的光澤和質地提供了來源。珍珠的形成通常需要數年的時間，取決於多種因素，如貝類的種類、環境條件（如水溫、鹽度）以及珍珠質的分泌速度。珍珠的形狀、大小和顏色各異，取決於其形成的軟體動物的種類、環境條件以及珍珠質的組成。
此外，珍珠還可以因軟體動物的病理反應而形成，即沒有異物爲核的珍珠，這種情況下，一部分外套膜表皮細胞因病變或受傷而脫離，進入結締組織中，分裂增殖形成珍珠囊，進而分泌珍珠質形成珍珠。