珍珠龜是一種具有獨特外觀特徵的淡水龜類。它們的身體特徵如下：
顏色。珍珠龜的頸部和四肢皮膚上長有亮綠色和黑色的細條紋，背甲通常呈深橄欖色至棕色，肋盾和緣盾上有黑色描邊的橙黃色條紋，腹甲為黃色，甲縫處為黑色，皮膚為深橄欖色或棕色，身上分布有黃色條紋，頭部紋飾較為特別，頭頂有形似「蝴蝶」的大塊黃色斑塊，眼睛瞳孔為黑色，虹膜為淡黃色，有明顯的黑色眼線。
形狀。珍珠龜的背甲上有三條脊棱，隨著成長，這兩條脊棱會漸漸消失，成年珍珠龜的背甲後緣呈鋸齒狀，腹甲邊緣排列整齊的圓圓的黑色斑點，好像一粒粒珍珠，因此得名。
尾部。珍珠龜的尾巴較長，逐漸尖細。
此外，珍珠龜的頭部、頸部及四肢的皮膚上都長有亮綠色和黑色的細條紋，上喙有細齒，中央部有凹陷，幼體背甲呈淺灰綠色，有三條明顯的脊棱，成年背甲偏向棕色，背甲上的其中兩條脊棱會漸漸消失，腹甲棕黃色，每一盾片具有一塊大墨漬狀斑塊，腹甲後緣缺刻。