化學作用和物理吸附
瑞氏染液的染色原理主要涉及化學作用和物理吸附。瑞氏染液由酸性染料伊紅和鹼性染料美藍組成的複合染料，溶於甲醇後解離為帶正電的美藍和帶負電的伊紅離子。甲醇作為溶劑，使得美藍與伊紅在溶液中離解，從而使得細胞成分可以選擇性地吸附這些有色物質而著色。美藍如果放置過久，可以氧化而含有天青，這種美藍天青與伊紅化合物能使核染成紫紅色，但不能使胞漿染為藍色，多餘的美藍可以使胞漿染成藍色。此外，伊紅負離子和美藍正離子作用後，變成中性的伊紅化美藍，久置後經氧化而含有天青。這三種染料分別和細胞核及漿中的銨根與醋酸根等結合，使細胞核及胞漿著色。由於瑞氏染料是中性染料，且有緩衝液調節酸鹼度，所以細胞受染後，藍、紅等顏色都較適中，核染質、胞漿及其中之顆粒顯色較為清楚。