《瑪利歐創作家2》故事模式中的關卡眾多，包括以下幾個：
1. 「歡迎再來」：經典瑪利歐地城風格，操控基本；
2. 「你真的能騎動物」：解鎖板車進階；
3. 「原地待命」：熟悉關卡構造；
4. 「避開火球」：學習移動方式；
5. 「拯救公主」：拯救公主，學習反跳；
6. 「連續反跳」：學習連反跳；
7. 「連續反跳進階」：學習複雜反跳；
8. 「快速衝刺」：解鎖衝刺；
9. 「靈活迴旋」：最終進階，學習複雜的閃躲。
除了上述的關卡，故事模式還有很多其他獨特的設定。在這個模式中，玩家將跟隨瑪利歐一起探索各式各樣的關卡，並且學習不同的技能來解決困難的問題。完成每個關卡都需要玩家有高度的注意力和敏捷度。此外，玩家還可以與朋友一起合作解謎，或者比拼速度。
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