瑪格麗特調酒的起源有不同的故事版本。其中一種說法是：最早源於1949年，美國加利福尼亞的一家Club Rider酒館裡，由美國調酒師Errol James為一位叫Margarita的墨西哥姑娘創造了這款雞尾酒。他以墨西哥瑪格麗特城（Cozumel）的名字和經典電影《城市之行》中的一幕情景為這款酒命名，表達對這位美麗女子的祝福。
另一種說法是，在20世紀的墨西哥，因為M型伏特加在當時很流行，而它的味道和墨西哥的Tequila有些相似，所以有人將M型伏特加與檸檬皮與鹽巴製成的「鹽巴盅」搭配在一起喝，這款雞尾酒就此誕生了。
以上是瑪格麗特調酒的兩種常見故事版本，具體的故事細節可能會因地區或人的不同而有所差異。