甘油磷脂的合成主要涉及以下幾種磷脂的合成途徑：
磷脂醯膽鹼和磷脂醯乙醇胺。這些磷脂主要由活化的CDP-膽鹼和CDP-乙醇胺與甘油二脂反應生成。磷脂醯乙醇胺還可以在肝臟中由腺苷蛋氨酸提供的甲基轉變為磷脂醯膽鹼。
磷脂醯絲氨酸。這是在體內通過Ca²⁺激活的醯基交換反應生成，磷脂醯絲氨酸由磷脂醯乙醇胺與絲氨酸反應而來。
磷脂醯肌醇、磷脂醯甘油和心磷脂。這些是通過活化的CDP-甘油二酯與相應的取代基團反應生成。
縮醛磷脂與血小板活化因子。這些的合成過程與上述磷脂類似，但區別在於磷脂酸合成之前，由糖代謝中間產物磷酸二羥丙酮轉變生成脂醯磷酸二羥丙酮，隨後由一分子長鏈脂肪醇取代其第一位脂醯基，再經還原和轉醯基等步驟合成磷脂酸的衍生物。
甘油磷脂的合成所需的基本原料包括甘油、脂肪酸、磷酸鹽、膽鹼、絲氨酸、肌醇等，其中甘油和脂肪酸主要由葡萄糖轉化而來，膽鹼可由食物獲得或由絲氨酸和甲硫氨酸合成。絲氨酸脫羧可生成乙醇胺，而乙醇胺可甲基化生成膽鹼。甘油磷脂的合成有兩種主要途徑，包括甘油二酯途徑和CDP-甘油二酯途徑。