生物指標是一箇多層次的概念，主要應用於環境質量監視與評價中。
生物指標包括生物學特性和參數，如生物多樣性、生物量和代謝活性等方面。生物指標可以綜合反映環境質量的變化情況，因爲生物生活在各類環境中，就像活的自動“監測器”。例如，在江河湖海遭受污染後，水體中水生生物的種羣分佈將受到限制，因此生物指數也被用作衡量水體污染程度的一種指標。
此外，生物標誌物（Biomarker）是一類特定的生物指標，通常指能被客觀測量和評價，反映生理或病理過程，以及對暴露或治療干預措施產生生物學效應的指標。這些標誌物多來源於人體組織或體液，涵蓋生理、生化、免疫、細胞和分子等水平的改變。在醫學領域，生物標誌物可用於疾病的檢測、診斷、預後、治療監測等。