生物肥料是一種含有特定微生物活體製品的肥料，也稱為微生物肥料或菌肥。
生物肥料主要通過微生物的生命活動及其產物來促進作物的生長，這種肥料可以改善土壤結構、提高化肥利用率、抑制農作物對有害物質的吸收，如硝態氮、重金屬和農藥，同時還能淨化土壤、降低農作物病害發生率、促進農作物秸稈的腐熟利用，從而保護農田環境。生物肥料的主要成分包括多種微生物、胺基酸、維生素、多肽、酶以及微生物的抗生素等有益成分。它們可以通過改善植物營養環境、活化土壤養分或產生活性物質來刺激植物生長。生物肥料可以分為細菌肥料、放線菌肥料、真菌類肥料、固氮藍藻肥料等類型，根據其含有的特定微生物種類進行區分。