生物菌肥可以通過多種方法製作，以下是一些常見的製作方法：
液體生物菌肥。將有機廢棄物（如果皮、菜葉、豆渣等）、糖、水和發酵劑混合放入密閉容器中發酵。發酵完成後，過濾液體並加入氮、磷、鉀等肥料，製成液體生物菌肥。
固體生物菌肥。將有機廢棄物、土壤、水和發酵劑混合後發酵。發酵完成後，將固體晾乾並粉碎成粉末，製成固體生物菌肥。
牛糞/雞糞等動物糞便菌肥。準備動物糞便（如牛糞、雞糞）、木屑、綠色植物碎料等。將這些材料混合併加入適量水，堆積成圓錐形，插入空氣管以促進通氣。每天翻動一次，保持濕潤，經過大約30天發酵後即可使用。
發酵液製備。準備蔗糖、酵母、磷酸二氫鉀等材料，按比例加入發酵罐中，在170至180℃條件下發酵2至3天。發酵結束後，過濾出發酵液。
家庭自製菌肥。將糖蜜、花生麩和水按比例混合，加入發酵劑，每天攪拌2至3次，溫度控制在20℃左右，15天左右即可完成發酵。
施用生物菌肥時，應避免與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥混合使用。施用最佳溫度為22℃至35℃，低於5℃或高於40℃時施用效果不佳。生物菌肥可以提高土壤肥力，促進植物生長，減少化肥使用，並改善土壤質地。