生物除臭塔的工作原理主要依靠生物過濾和生物降解，涉及預處理、生物分解和沉澱等階段。以下是詳細介紹：
預處理階段。首先對廢氣進行預處理，去除其中的顆粒物，並進行溫度和濕度的調節。
生物分解階段。經過預處理的氣體進入生物除臭塔，塔內填充了生物填料，如木屑或特定的微生物和水分。氣體中的污染物通過擴散運動進入填料外層的水膜，被填料吸收。隨後，微生物將污染物分解，轉化為二氧化碳、水和簡單的無機鹽，同時合成自身生長繁殖所需的營養物質。
沉澱階段。完成分解後的物質在集液裝置中沉澱，定期排出，淨化後的水可循環利用。
生物除臭塔的核心是生物過濾系統，利用微生物的吸附和分解作用去除廢氣中的污染物，具有投資少、能耗低、運行成本低等優點。