由布院到熊本

從由布院到熊本，可以選擇以下路線：

直接路線：從由布院站出發，先乘坐久大本線到大分站，然後換乘豊肥本線直達熊本站。這條路線的優點是實際路程短，但需要換乘3輛火車和一輛巴士，總用時可能超過3小時。請注意，阿蘇站到肥後大津這一段因鐵路損壞需要乘坐巴士，車程大約1小時。

其他路線：雖然沒有直接提到，但考慮到可能存在的其他路線，建議查詢最新的交通信息以找到更快捷的路線。

綜上所述，雖然直接路線較為便捷，但由於需要換乘多次，可能會花費較多時間。建議提前查詢並規劃好行程，以確保順利到達目的地。