番茄青枯病的症狀主要表現為：
葉片。初期，頂部新葉開始萎蔫下垂，隨後下部葉片和中部葉片依次出現萎蔫，葉片色澤變淺，呈現青枯狀。
莖稈。病莖基部表皮變得粗糙，並可能出現水浸狀斑點，這些斑點隨後擴大並變成褐色1~2厘米大小的斑塊，病莖中下部可能增生不定根。在潮濕環境下，病莖上可能出現更多這種斑塊。
整株表現。病株在白天出現萎蔫現象，傍晚可恢復正常，若土壤乾燥且氣溫偏高，病株可能在2~3天內全株凋萎並最終死亡；若氣溫較低或土壤含水量較高，病株可能維持數天至一周左右才枯死，儘管葉片可能仍保持綠色或淺綠色。
此外，番茄青枯病的典型症狀還包括橫切病莖後，用手擠壓可見乳白色粘液從維管束中滲出。