《異形契約》的含義可以從兩個層面來理解：
宗教層面：影片中的「契約號」可以被視為太空版的諾亞方舟，象徵著人類的新希望和新的開始。在《創世紀》中，諾亞一家和動物登上諾亞方舟，成為了人類的後裔，並接受了諾亞頒布的七大法律來約束自己的行為。因此，在《異形契約》中，契約號上的殖民者被期望在新世界中繼續維持這些法律和規範，不忘人類之契約，約束自己的不良行為，好好做人。
現實層面：契約號上的殖民者和船員離開了地球，拿著單程票，與偉倫工業達成了一種契約契約。他們用自己的決定換取了一個全新的世界和未來。這種契約關係在影片中無處不在，例如大衛在白房間裡演奏的《眾神進入聖靈殿》的故事，丹妮絲答應雅各布在河邊建小木屋，沃特對丹妮絲的責任等等，都體現了這種契約精神。
綜上所述，《異形契約》不僅是一個關於太空探險的故事，也蘊含了深刻的宗教和道德寓意，探討了人類的行為規範和造物的邏輯問題。影片通過揭示可能被低級種屬所控制或反噬的隱憂，展現了人類對自身創造物的擔憂以及對「弒父」本能的探討。