病理切片製作流程大致如下：
固定標本。從患者患處取下的標本應立即進行固定，通常使用10%中性福馬林，固定時間依標本大小而定，大標本需浸泡24~48小時，小標本需浸泡6~8小時。
病理取材。病理醫生通過檢查標本，找到病變部位，並切取典型病變組織，切取的組織塊應放入特定的包埋盒內並編號。
脫水、透明、浸蠟。組織經過梯度酒精脫水，以置換出組織中的水分，隨後經二甲苯透明處理，最後浸泡在液體石蠟中，整個過程大約需要15小時。
組織包埋。經過脫水、透明、浸蠟的組織被放入融化的石蠟中，待石蠟冷卻凝固後，組織被石蠟包裹形成蠟塊，這個過程稱為包埋。
切片製備。使用切片機將蠟塊切成2~5微米厚的薄片（如300張紙的厚度），這些切片被放入45℃的溫水中展平後，撈在塗有防脫劑的載玻片上，隨後進行染色。
染色和封片。對切片進行HE染色，這是一種常用的染色方法，首先進行二甲苯脫蠟，然後經過不同梯度的酒精水化，使用蘇木素染液進行細胞核染色，隨後用伊紅進行細胞質和細胞外基質染色，最後用酒精脫去余色，二甲苯透明，完成染色過程。封片時，在玻片上滴加一滴中性樹膠，覆蓋上清潔的蓋玻片，避免產生氣泡。
通過這一系列複雜而精確的步驟，一張精美的病理切片就製作完成了。