如果發票存根聯丟失，可以採取以下步驟進行補辦：
向稅務機關報告：首先，需要向主管稅務機關報告發票存根聯的丟失情況。
刊登遺失聲明：在《中國稅務報》上刊登“遺失聲明”，並自行到轄區內的地級市報刊上刊登“遺失聲明”。
提供相關證明：持刊登“遺失聲明”時取得的發票（發票的抬頭必須有企業的名稱）到稅務機關查驗。
複印存根聯：複印發票聯和記賬聯，並在複印件上蓋章。
提供其他證明：如果手撕發票存根遺失，可以利用購票簿上的號碼購買發票，並在需要時進行解釋說明。
財務記錄：設置發票登記本，登記購入發票的數量、號碼，開出的發票號碼、日期、客戶、金額、領取人。
客戶確認：將複印件交給客戶入賬，並要求客戶回籤。
稅務處理：在繳銷發票時主動向稅務人員說明已按規定將該份發票申報納稅，稅務機關一般不會處罰。
注意稅務風險：如果遺失發票存根聯，需立即向主管稅務機關報告，並索回發票的“發票聯”（或“發票聯”複印件）到主管稅務機關申請作廢“存根聯”。如果數額不大，一般不會有影響。
請注意，以上步驟可能會根據具體情況和地區政策有所變化，建議在操作前諮詢當地稅務機關或專業人士。