百越族的祖先是古代中國南方沿海一帶的古越族人。他們主要分布在從今天的江蘇南部開始，沿著東南沿海的上海、浙江、福建、廣東、海南、廣西以及越南北部這一長達七八千里的半月圈內。百越族人在局部地區也有零散分布，包括湖南、江西及安徽等地。嶺南地區的南越、西甌、駱越等部落後來演化為今天的壯族、侗族、黎族、布依族、傣族、毛南族、仫佬族、水族、畲族等少數民族。
根據考古學和人類學的研究，三萬年前有一部分居民從沿海進入中國，其中一部分在珠江流域定居，大約在1萬5千年前，他們開始向福建、浙江、蘇南地區遷移，形成了百越族。百越民族是周代時期越人的主體民族，而建立東歐國的人也是這些人的後代。
海南島的黎族被認為是古代百越血統的後代。根據線粒體DNA(mtDNA)的假說，黎族人從中國南方遷徙而來，這支持了他們與古代百越族群的關係。