百香果的修剪過程可以根據其生長週期分爲幾個關鍵階段：
幼苗期。通常保留一到兩條主蔓上架，剪去過多的側枝。當主蔓長到約一米高時，剪除頂芽以促進側蔓的生長。每側留兩個側蔓，讓其分向兩側生長。當側蔓長至2米左右時，剪除側蔓頂端，以促進次生側蔓的生長。
結果期。每次果實採收後，對每個側蔓保留3到4個節進行短截，以促進新側蔓的生長。同時，疏剪生長過密的枝條，或剪除垂下拖延地面的枝條，離地面約20到30釐米處，以保持通風良好。及時剪去採果後的枝條、弱枝、病蟲枝、殘枝，並在枝蔓上留2到3個芽眼。及時抹去架面下主蔓及基部所發出的側芽嫩枝。
冬季修剪。去除病蟲害和枯死的枝條，控制樹冠的大小和形狀，促進新梢的生長。
修剪時可以使用簡單的工具如剪刀，進行消毒以避免感染。修剪可以保持植株的健康形態，增加光照和通風，提高果實產量和質量。