皮蛋有苦味的原因通常與其製作過程有關。在製作皮蛋時，會使用鴨蛋或雞蛋，並加入石灰、草木灰、食鹽、面鹼、黃膽粉等輔料，然後將這些材料與黃泥土混合，包裹在蛋的外層。這些輔料中的鹼性成分會被蛋殼上的氣孔吸收，導致皮蛋中含有較多的鹼性物質。在強鹼作用下，皮蛋中的含硫胺基酸會被分解，產生硫化氫和氨，這些物質會帶來苦味。
此外，如果皮蛋在儲存過程中不當，可能會滋生細菌導致變質，從而產生苦味。變質的皮蛋可能呈現淺綠色，韌性較差，蛋黃和蛋清可能已經腐爛化水，晃動時可能會有水聲，並含有大量細菌。食用這樣的皮蛋可能會引起腹痛、腹瀉、嘔吐等症狀。
需要注意的是，如果皮蛋吃起來發苦，這通常不是正常現象，可能是由於變質或儲存不當造成的。在這種情況下，應該避免食用，以免對健康造成不利影響。