《神隱少女》的故事圍繞高中一年級學生北條索奈展開。這個熱血少女厭倦了普通人類的世界，認為當勇士是最榮耀的事情。因為古老傳說“災難神·大空異聞”而被迫在雪夜裡冬眠的神明·蕾姆來到了她的學校。北條索奈試圖去收服這位新晉神明，保護村民們，但是每次她都將失敗。之後她嘗試放棄去收服神明，在決心去逃避這一切的時候她看到一株很醜的花正在勇敢地與狂風作鬥爭，它雖然沒有勇士的力量，但最終卻綻放出了自己的光彩。這一幕使她意識到無論是什麼生物，都擁有選擇自己的道路和命運的權力。
然而，故事到這裡並沒有結束。因為神明力量的吸引，村裡的貓全都化作了神明。而此時蕾姆的力量逐漸顯現，並且完全不接受被收服。與此同時，村民們開始出現了因為無法控制神明力量而出現的異變，最終失去了生活的安寧和希望。於是索奈決心成為真正勇士幫助村子裡的所有生物選擇自己的道路。最後經過許多艱難的訓練和努力，北條索奈最終完成了自己目標成為勇士成功封印蕾姆成為了傳說守護村子，成為了一位勇敢的勇士少女。
《神隱少女》這個故事向觀眾傳達了一個信息：我們每個人都應該為自己的人生負責，我們應該為自己的決定和行為負責；只有不斷追求自己的人生理想和目標，才能夠真正的快樂。
注意：這是一個大概的介紹，還有許多其他的細節和人物，每個故事都是一段充滿愛、冒險和奮鬥的故事旅程。建議您查閱原版小說了解更多的故事情節和人物發展。