福州港口主要包括以下港區：
閩江口內港區。位於福州市區附近，主要服務於對臺客運以及能源、集裝箱等貨運功能。
江陰港區。位於江陰，以集裝箱運輸爲重點，同時也處理汽車滾裝、散雜貨及液體化工品等貨類。
松下港區。主要服務臨港工業發展，以糧食、散雜貨等運輸爲主。
羅源灣港區。以幹散貨運輸爲主，主要運輸煤炭、礦石等。
三都澳港區。服務於寧德市，以散貨、雜貨運輸爲主。
賽江港區。主要服務後方臨港工業發展。
三沙港區。位於三沙，是福州港口的重要組成部分。
沙埕港區。主要服務福鼎市及浙南等周邊地區。
平潭港區。主要服務平潭綜合實驗區開發開放，以對臺客貨運輸爲主。
這些港區共同構成了福州港口，是福建省內重要的海上交通樞紐，對於促進地方經濟發展和國際貿易有着重要作用。