新石器時代
稻作的起源可以追溯到新石器時代，中國是世界上最早開始栽培水稻的國家。根據考古發現，長江流域及其以南地區是稻作的主要起源地。這些地區不僅歷史上有野生稻的記載，而且至今仍有野生稻的分布。新石器時代的稻作遺存在這裡有80餘處，時間跨度從1萬年前到4500年前，且隨著考古的深入，遺存的數量和年代還在不斷增加。
例如，江西萬年仙人洞遺址、湖南澧縣的彭頭山遺址、浙江餘姚的河姆渡遺址等，都是較著名的新石器時代稻作遺存。河姆渡文化遺址距今約7000年，出土了豐富的稻類遺存，表明當時的栽培稻已經與野生稻的原始形態相去甚遠。此外，該遺址還發現了成套的農業生產工具和穀物加工工具，如骨耜、木鏟、鶴嘴鋤、骨鐮、木杵和陶臼等，這些工具的使用表明當時的稻作技術已經相當先進。
水稻的栽培歷史悠久，但在很長一段時間內並不被廣泛認知，甚至曾被排除在「五穀」之外。這主要是因為長江流域及其以南地區長期處於較為落後的狀態，稻作技術相對原始，史書中通常將其概括為「火耕水耨」。這種技術包括先用火焚燒田中的雜草，然後再種植水稻，利用淹水條件下的稻苗與雜草生長差異來控制雜草。水稻的根系具有裂生通氣組織，能夠在積水的沼澤地中生長，並通過地上部莖節生根來吸收水分和養分。