《空之軌跡SC》的故事發生在埃雷波尼亞帝國南部的溫德市，講述了主人公該亞爾根作為導力槍的發明者之一，在經歷了一系列事件後，為了保護導力技術和心愛的人，開始努力鍛鍊並追尋敵人的故事。整個故事以解謎和戰鬥相互交替的形式展開，通過一個個任務的完成來推動劇情的發展。
在故事中，主人公會結識新的夥伴，並一同探索埃雷波尼亞南部的眾多城市和鄉村。同時，舊友和新敵也將不斷出現，為故事增添了更多的戲劇性。在遊戲後期，玩家需要解開一系列謎團，揭示隱藏在敵人襲擊背後的真相，並最終擊敗敵人，保衛導力技術和自己的未來。
總體來說，《空之軌跡SC》是一個融合了冒險、戰鬥、解謎等多個元素的故事，通過引人入勝的情節、豐富的角色和精彩的戰鬥場面，為玩家帶來了一場難忘的遊戲體驗。