節瓜可能遇到的病害包括：
節瓜菌核病：由核盤菌引起，主要危害節瓜的果實和莖蔓。症狀包括水浸狀軟腐和白色菌絲的形成，最終形成黑色鼠糞狀菌核。該病在塑膠棚、溫室或露地節瓜上均可發生，苗期至成株期均可染病。在中國南方，節瓜菌核病的發病時間為2～4月及11～12月，北方為3～5月及9～10月。連作、排水不良、偏施氮肥或霜害、凍害條件下發病較重。
節瓜立枯病：由立枯絲核菌AG-4菌絲融合群引起，主要危害地下根部或幼苗莖基部。症狀包括病部出現不整形或近橢圓形的暗褐色斑，病部擴展繞莖一周後導致莖部萎蔫乾枯，造成瓜苗死亡。
節瓜灰斑病：由瓜類尾孢引起，主要侵染葉片、莖和瓜柄。症狀包括褪綠黃斑，長圓形至不規則形，後期病斑融合聯片，病斑淺褐色至褐色。多雨、溫暖高濕條件下易發病和流行。大水漫灌、缺水缺肥、施肥不當或大棚通風性差會加重病情。防治方法包括選用無病種子、實行與非瓜類蔬菜2年以上輪作、及時噴灑合適的化學藥劑等。
其他病害還包括霜霉病和根腐病。