紅茶菌在成熟後，可以用於製作飲品或進行分裝保存。分裝保存時，應使用無菌的玻璃瓶或塑料瓶，並確保容器和蓋子都經過消毒處理。此外，紅茶菌在室溫下可以保存一段時間，但爲了保持其活性，最好每隔一段時間進行更新。