《終末的後宮》的結局主要涉及以下幾個方面：
主要角色結局：
朱音和男主的複製人最終在一起。
公主成為了單親媽媽，孩子也是複製人。
港妹成為了路人權貴的第一夫人。
姐姐逐漸淪陷5號。
其他妹子保持單身狀態。
男主和女主結婚，並有了三個孩子。
情節發展：
男主最初沒有性方面的想法，只想拯救世界。
在第二部開頭，男主被威脅並吃下了消滅欲望的藥，生理上沒有任何性方面的想法。
儘管第一部中男主湊了兩個老婆，但最終青梅竹馬的克隆妹子成為了他的妻子，而青梅竹馬的角色領了便當。
作品評價：
儘管《終末的後宮》的結局被描述為純愛，但作者在處理角色和情節上的決策引發了一些爭議。
特別是關於青梅竹馬角色的處理，被認為是不合邏輯的，因為男主角最終還是選擇了與複製人的愛情。
綜上所述，《終末的後宮》的結局雖然包含了一些爭議，但總體上遵循了純愛的路線，以男主角與複製人的愛情故事為主線。