羊肚菌的保存方法取決於其狀態和周圍的環境條件，具體如下：
新鮮羊肚菌。最佳方法是將其放入密封容器或使用保鮮膜密封後放入冰櫃冷藏，這樣可以保存3~5天。也可以將新鮮羊肚菌曬乾或速凍以延長保存時間。曬乾後，羊肚菌可以裝在塑膠袋中保存；速凍則可以保存12個月，食用時解凍即可。如果當地氣候乾燥，可以將新鮮羊肚菌放在陰涼乾燥處，避免潮濕和陽光直射；若氣候潮濕，則應放入冰櫃冷藏或冷凍。
乾羊肚菌。應放在陰涼乾燥處，如果周圍環境潮濕，則應考慮放入冰櫃。
抽真空的羊肚菌。可以按照包裝上的指示進行保存，一般在陰涼處或冰櫃中即可。
在保存羊肚菌時，確保其乾燥是關鍵，以避免細菌生長和腐爛。