耿氏起源主要有三：
出自子姓，以地名為姓。商代有君王名祖乙，他的國都從相遷到邢（又稱耿）邑，後來的盤庚又把都城遷到毫。盤庚遷都後，一部分商朝的公族沒有跟隨他南遷，仍然留在了邢，這一部分人就把邢作為自己的姓氏。後來為了與讀做（Xíng）的邢姓相區別，將這個姓的寫法改做耿。
出自姬姓，以國名為氏。商代末年有耿國，周朝建立後耿國滅亡，耿國子孫奔楚為大夫，以國為氏。或周室封同姓人於耿，又為諸侯國，春秋時又被晉國滅掉。原耿國公族多以原國名「耿」作為自己的姓氏，成為耿氏的一支。
出自他族或他族改姓。清高麗人有耿姓；清滿洲人有耿姓；裕固族各爾格茲氏漢姓為耿；羌族耿家志（房名），後改姓耿；今滿、蒙古、土家、錫伯等民族均有此姓。