胭脂井的故事與南明史可法、張毅以及清兵有關，被許多影視劇演繹，是明末清初一件重要歷史事件。
1. 崇禎十六年，揚州十日屠城，張毅逃到京城，他進胭脂井之前，在井上種了一株銀杏樹作為標誌。
2. 南明弘光元年（清順治二年，1645年）四月，清兵入京師，包括司禮監太監孫長史在內的官員大多投降。在江南監督鄭芝龍軍務的翰林學士方拱乾在清兵進入城中後，匆忙逃到南京。方拱極在景陽岡上遇見了故友朱國禎。正巧朱國禎家有以前的遺留胭脂，被鑿為紅丸。這時剛好有幾位明朝遺老遺臣，如已隱居在京城的姜某、朱國禎的族人朱之瑜等也正四處尋找機會，便在景陽岡上聚在一起商議對策。最後決定利用這瓶紅丸投於井中，用此來象徵明朝的江山如井底之江山，一成不變。
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